En Huánuco se puede distinguir un importante número de pisos ecológicos, debido a las grandes variaciones en la altura y el clima. Cada uno de estos pisos alberga un ecosistema particular, determinando en su conjunto la gran biodiversidad del departamento de Huánuco. En la cadena occidental de la Cordillera de los Andes, las grandes montañas y mesetas, con alturas superiores a los 4 000 metros sobre el nivel del mar, conforman un paisaje agreste al cual se han adaptado sólo algunas especies, en su mayoría plantas como el liquen, el ichu y la yareta, y animales como el cóndor y los auquénidos. En los valles interandinos, las mejores condiciones ambientales determinan una mayor variedad de especies. Éstas incluyen bosques de molles y quinuales, a los que se ha agregado especies foráneas como el eucalipto. Finalmente, en la vertiente oriental, el clima tropical permite el crecimiento de gran cantidad de especies arbóreas. A medida que uno avanza hacia el oriente, el terreno va adquiriend